Ce que tu dis montre bien qu'elle comprend parfaitement que c'est le moment ou elle va se retrouver enfermée, et qu'elle n'aime pas, j'ai peur que ce soit illusoire de penser qu'un jour elle comprenne "qu'elle n'a pas le choix"!
(en tout cas Marcel, lui n'a pas compris depuis un an!). Ce qu'il n'aime surtout pas c'est que je l'attrape!

Ce que tu peux essayer c'est que ce moment soit associé a quelque chose d'agréable, si tu lui met ses croquettes à ce moment là.

Malheureusement ce sera toujours le cas
Mais comme l'a suggéré Ory, associer cela à quelque chose de moins agréable et qui te permette de l'attraper plus facilement peut être un moyen de rendre la chose moins difficile. Tu peux voir à lui donner une friandise au moment de rentrer (mais pas plus de 2/3 par semaine), sinon un bout de légume, des granulés... Bref, quelque chose qui puisse lui donner envie de venir vers toi.
Ou sinon, plutôt que de lui courir après, quand tu le peux, assis-toi près d'elle en lisant ou autre, et attends qu'elle vienne te renifler, te grimper dessus etc. À ce moment-là, tu profites de sa proximité pour l'attraper sans mal.

Dehors, elle vient plus rarement vers moi que quand je la sors à intérieur mais je vais rester et je vous dirais ^^

Je ne sais pas si là ou tu la sort elle a accès directement à sa cage. Si oui tu peux aussi essayer ça.

J'ai constaté la chose suivante, ce que Marcel aime pas c'est que je le porte. Par contre quand il est devant la porte ouverte de sa cage il rentre tout seul. Donc ce que j'essaye c'est de le ramener en tenant le harnais et en le laissant les pattes au sol. Ensuite je retire le harnais dans la véranda (porte de la cage ouverte), et il rentre en général.

De même si il est en liberté dans la véranda et qu'il fait une bêtise (monter dans un pot de fleurs..) je frappe dans mes mains (comme quand il tape des pieds au sol), ou je tape du pied, et il va se réfugier tout seul dans sa cage. Enfin ça marche dans 70% des cas.

alors pour ma part, j'ai essayé de ne brusquer aucun moment. Robin rentre tout seul, donc pas de souci, il aime trop son enclos pour s'en éloigner trop longtemps. Valentine, c'est une autre histoire. Déjà, je les sors le matin, donc à un moment où ils sont en forme. Ils courent partout, sautent partout, mangent toute l'herbe du jardin pi se calment. C'est à ce moment-là que Robin rentre. Valentine s'installe dans le jardin, no stress la lapine allongée de tout son long.

J'ai essayé la nourriture, je prenais un pissenlit, elle se rapprochait, je l'attrapais et on rentrait tant bien que mal, elle est costaud ma lapine ! Bref, ça ne plaisait ni à elle ni à moi.
Ensuite, j'ai essayé de la rabattre vers l'enclos tout simplement en la forçant à y retourner. En gros, je reste derrière elle et on rentre petit à petit jusqu'à l'enclos. Arrivé là, elle rentre rarement en une fois, en général, on fait un tour de l'enclos juste pour rire ^^ mais elle finit par y retourner parce que ça la gonfle que je reste derrière elle.
Finalement, c'est ça qui marche le mieux chez moi, elle rentre, prend un bout de verdure -puisque entre temps j'ai fait la cueillette pour ces messieurs-dames- puis va se coucher.
L'avantage, c'est que je peux maintenant la câliner même au jardin, alors qu'auparavant elle me fuyait vraiment, pensant que j'allais l'attraper.
J'ai opté pour cette méthode plus douce car je ne veux pas la braquer.

Du coup, je ne comprends pas ton problème, c'est rentrer dans la maison ou rentrer dans sa cage qui la rebute ?

Rentrer dans sa cage. 

Mais encore plus quand elle est à l'extérieur ou la elle va courir de partout pour se cacher (que à l'intérieur, à par sous les meubles ou c'est galère, c'est plus simple de l'attraper) 
Quand elle est dehors, elle va se réfugier sous les arbres, me passer entre les jambes et courir à l'autre bout du jardin

Alors essaie peut-être de la rentrer dans la maison dans un premier temps sans la forcer à aller direct dans sa cage. Pendant qu'elle ferait la maligne sous les meubles, tu pourrais t'occuper d'un truc dans sa cage (verdure, gamelle d'eau, coin dodo secoué, foin) histoire de piquer sa curiosité. Elle finira par aller voir ce que t'as touché chez elle ^^

Pour dehors,au départ j'avais un bout de baton pour m'aider à rentrer valentine, ainsi j'étais dans son dos et le baton sur un côté, l'obligeant à opter pour le côté resté libre d'accès. Puis je l'encourage sans fâcherie dans ka voie afin qu'elle comprenne bien que, ce n'est pas parce que je la persécute dans son dos, que je lui veux du mal."allez p'tite mère on rentre" "hop hop hop".

Bref, faut tester les solutions et voir ce qui fonctionne avec ta boule de poils, le tout en évitant de vous énerver toutes les deux ^^

Pour Titien j'avais réglé le problème en lui apprenant à rentrer sous l'ordre "maison". Il n'avait le droit de manger que dans sa cage donc il savait très bien qu'il y trouverais foin, granulé, légumes, friandises parfois. Je lui demandais d'y aller de temps en temps juste pour lui donner un petit quelque chose à manger et donc sans que forcément ça se termine par la cage fermée. Du coup à part exception il entrait toujours facilement.
Pour Mioko je lui donne ses légumes dans l'enclos aussi et j'attends qu'il rentre pour fermer doucement, en prenant le temps de terminer de le câliner et tout. Parfois il est pas content et ressort vite fait mais la faim l'emporte toujours (et surtout que m'y prend toujours biiien en avance pour ne pas être énervée /stressée par sa mauvaise volonté. Par contre après il boude!