Signe de douleur je ne pense pas, quand ils gémissent/crient c'est qu'ils ont très mal et/ou très peur et c'est reconnaissable. 
Possible qu'elle tousse par contre vu ce que tu décris. À surveiller

Possible qu'elle râle si tu l'engueule Shadow fait des bruits bizarres pour communiquer

litchi fait comme des gloussements quand elle boit ou fait sa toilette, mais le véto m'a dit que c'était normal.
Est-ce que tu as remarqué qu'elle faisait ces bruits à des moments particuliers?

c'est peut-être un grognement?

Si elle continue d'être active et qu'elle a de l'appétit c'est que ça va.

Si ça ressemble à un ronron de chat, je suppose que c'est sa respiration.
Les lapins peuvent avoir une respiration sifflante / ronflante pour diverses raisons, mais si elle ne l'a jamais fait avant il vaut mieux surveiller / s'en inquiéter maintenant et voir un vétérinaire pour qu'il vérifie que ce ne soit pas pathologique. Car ça peut l'être.

Baluchon grogne quand il est pas content!
Mais à par ça il ne fait pas de bruit 'bizzarre'...