Si c’était pour baisser la fièvre, c'était pas un vaccin mais une injection (antibiotique, anti-inflammatoire par exemple). Ça c'est possible, mais un vaccin (contre la Myxomatose ou le VHD) ça ne diminue pas la fièvre. Au contraire, il peut être dangereux de vacciner un lapin souffrant.
Tu parle de fièvre, sais-tu quelle était la température de ton lapin? La température du lapin se situe entre 38 et 39°C, c'est supérieur à la nôtre ce qui peut faire penser à de la fièvre mais ce n'est pas le signe d'une infection.
Je te conseille également de changer de vétérinaire, ou du moins de demander un deuxième avis pour croiser les "résultats". Pour cela tu peut envoyer un MP à Noiset du forum (elle habite le 92 il me semble et elle tiens une liste des vétérinaires spécialisés) ou un mail à veto@margueritecie.org en précisant ta ville et ton département.
Dans l'idéal il faudrait faire un prélèvement de l'écoulement nasal pour déceler la présence de bactérie. Auquel cas on pourra mettre un place un traitement antibiotique. Si les analyses ne révèlent rien de particulier il faudra faire une radio des racines dentaires ; elles pourraient appuyer sur les canaux du nez et provoquer cet écoulement.