Les symptôme de l'encéphalitozoonose sont multiples et ne se déclenchent pas de la même façon chez tous les lapins.
Voici une liste des pathologies que peut présenter un lapin atteint d'encéphalitozoonose :
- syndrome vestibulaire (torticolis)
- convulsions, tremblements
- nystagmus (mouvements involontaires des yeux)
- symptômes locomoteurs (faiblesse de l'arrière-train, perte d'équilibre, paralysie des membres supérieurs et/ou inférieurs
- perte de poids
- changement de comportement, altération mentale
- fonte musculaire
- polyuro-polydipsie : augmentation de la quantité d'eau bue par jour associée à celle d'urine émise
- incontinence urinaire
- cataracte
- rupture spontanée de la capsule du cristallin (reconnaissable à l'apparition d'une masse blanchâtre avec inflammation centrée autour du point de rupture de la capsule) et uvéite phacocastique (inflammation de l'intérieur de l'oeil)
D'autres organes (foies, poumons, myocarde, rate, ...) sont aussi parfois touchés.